雖然睡眠呼吸機是治療阻塞型睡眠呼吸中止症的黃金標準，但並非所有人都適合使用。在臨床實務中，有一些情況需要特別評估，甚至可能不建議使用。
首先，患有嚴重肺部疾病的人需謹慎。例如慢性阻塞性肺病（COPD）或肺氣腫患者，若血氧控制不佳，呼吸機可能需要搭配氧氣治療，單獨使用一般CPAP可能不足。此外，部分肺部功能極差的患者，可能需要專門設計的雙相氣道壓力機（BiPAP），而非單純的CPAP。
其次，嚴重心衰竭患者在使用呼吸機時也需特別注意。研究顯示，部分中樞型睡眠呼吸中止症患者在使用CPAP後，可能反而增加心臟風險。因此，這類患者需要經醫師嚴格評估，並可能選擇特殊的治療方式，例如自動伺服通氣（ASV）。
再來，有些人因心理因素或身體條件無法適應。例如有幽閉恐懼症、嚴重焦慮症或認知功能障礙的患者，可能難以長時間佩戴面罩。另外，年幼兒童若沒有專業醫師評估，也不建議隨意使用成人型呼吸機。
此外，若患者有嚴重鼻塞、鼻中膈彎曲或慢性鼻竇炎，也可能導致呼吸機治療效果受限。這些患者通常需要先進行鼻腔治療，改善呼吸道通暢後，再搭配呼吸機使用，才能達到最佳效果。
最後，部分患者因個人意願無法持續配合使用。呼吸機需要長期、每天晚上配戴，若患者心理抗拒或依從性差，即便疾病嚴重，也可能無法達到治療效果。
總的來說，呼吸機雖然有效，但並非「一體適用」。患有嚴重心肺疾病、無法適應佩戴者，或合併其他特殊狀況的患者，都需要在醫師評估後決定是否適合使用。最安全的做法，是在專業醫療監督下選擇合適的治療方式。
